中国医药设备工程协会党支部隶属于中国工业经济联合会党委，受国务院国资委党建局领导。
2018年，根据中央组织部、国家民政部关于加强行业商协会加强党组织建设的要求，在国务院国资委党建局、中国工经联党委的领导下，正式成立了中国医药设备工程协会党支部，即工经联第13党支部。
党支部的成立，有利于促进协会的健康发展，提高了协会的政治地位。通过建立党组织，有利于协会在党的领导下充分了解、掌握党和政府的各项方针、政策，为协会运行正确导向，充分用好政策为协会发展服务。
党支部的成立，同时推动了协会的规范运营行为。
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